Si l'année 1900 représente une charnière dans le cycle des siècles, elle marque aussi un nouveau point de départ pour l'institution. En 1900, ce fut d'abord la démission de l'abbé Flavigny, remplacé par l'abbé Paul Lecoeur. Mais cette même année fut aussi celle de la fermeture des classes de Bois-Guillaume et de leur regroupement 39 rue de l'Avalasse; aux 5 hectares de Bois-Guillaume succédait un espace enclavé auquel une série d'acquisitions immobilières allait heureusement donner peu à peu une configuration convenable.
Plus d'un ancien dut être consterné de ce transfert. Mais ne découlait il pas de l'assouplissement des lois et de l'évolution des mœurs? Les interdits de l'Université avaient en leur temps, dicté le choix de Boius-Guillaume, mais les ouverture de la loi Falloux de 1850 ne le justifiait plus. Par ailleurs, les familles répugnaient de plus en plus à mettre leurs enfants pensionnaires, soit à cause du coût de la pension, soit en raison d'une préférence croissante pour l'éducation familiale.
L'abbé Leplay l'avait déjà compris en 1859, lorsqu'il ouvrit pour les petits une succursale rue d'Ernemont à Rouen; cette succursale fut transféré en 1882 rue de l'Avalasse, dans des locaux aujourd'hui disparus et réunit des effectifs toujours croissants. Pendant ce temps là Bois-Guillaume, qui souffrait d'une désaffection, avait essayé de s'adapter en acceptant des demi-pensionnaires; pour les transporter, il fallut affréter plusieurs omnibus à chevaux qui faisaient la navette au départ de la place Beauvoisine; le pittoresque n'y manquait pas. Mais l'abbé Flavigny compris vite que cette dualité d'établissement était coûteuse et non rationnelle.
La fermeture de Bois-Guillaume fut alors programmée pour 1900 ; on constitua en 1899, la société anonyme de l'Institution Join-Lambert, au capital de 460 000 francs, qui prit en charge la construction de 2 grands bâtiments sur le site de la Rue de l'Avalasse, où la rentrée de tous les élèves put être assurée en Octobre 1900.